机械密封与填料密封相比虽然有不少优点，但也不是完美无缺的。为了更好的选用，对机械密封的缺点也应有足够的认识，其中最主要的有三条。
       (1)一次性投资高；
       (2)安装时费时间，而且安装精度要求高； 
       (3)加工制造的精度要求高，而且加工复杂。
       机械密封虽然有缺点，但与优点权衡仍不失为一种先进的动密封结构。而且，随着机械密封工业的不断发展和人们对机械密封的认识不断加深，这些缺点将会逐渐得到缓解和克服。